بررسی ساختاری و تعیین برخی توابع ترمودینامیکی صورتبندی های مختلف تری پپتید hco-gly-l-leu-gly-nh2 با استفاده از محاسبات مکانیک کوانتومی

در این تحقیق، صورتبندی های مدل تری پپتید 2hco-gly-l-leu-gly-nh، که درساختار پلی پپتید پروتئین الاستین می باشد، در اثر چرخش زوایای دووجهی زنجیر جانبی و زوایای پیچشی اسکلت، در فاز گازی مورد مطالعه قرار گرفته است. همه محاسبات با استفاده از برنامه گوسین 2003 و با بهره گیری از سطوح تئوری hf و b3lyp با سری پایه (d) g31-6 انجام شده است. این تحقیق شامل 3 بخش می شود: بخش اول: ابتدا طی دو مرحله ساختارهای بهینه و انرژی برای صورتبندی های حاصل از چرخش زوایای دووجهی زنجیر جانبی ( 1?، 2? ) به فواصل °30 از صفر درجه تا 360 درجه محاسبه شدند که طی مرحله اول سه مینیمم در 60- = 1?، 60+ = 1? و 180= 1? بدست آمدند که به ترتیب ( g- )، ( + g) و (a) نامگذاری شدند که از میان این 3 مینیمم، صورتبندی (g- ) پایین ترین مقدار انرژی را دارا بود. در طی مرحله دوم، زاویه 1? در هر یک از سه حالت پایدار خود ثابت نگه داشته شد و برای هر کدام، زاویه دوم زنجیر جانبی (2? ) تغییر داده شد که از میان کل صورتبندی ها، صورتبندی با ( °= -602? ,°= -601? ) به عنوان پایدارترین حالت برای زنجیر جانبی بدست آمد. بخش دوم: سپس برای صورتبندی ها ی حاصل ازچرخش زوایای پیچشی اسکلت، ساختارهای بهینه، انرژی و مقادیر ترمودینامیکی من جمله انرژی آزاد گیبس، آنتالپی و آنتروپی در فواصل °30 از صفر تا °360 محاسبه شدند که این محاسبات بر روی صورتبندی پایدارتر ) -- g - (gحاصل از چرخش ( 1?، 2? ) انجام گرفت. هنگامی که 1?، 1?، 3? و 3? در °180 قرار داشتند، پایدارترین حالت آنها می باشد. اما در مورد زوایای پیچشی لوسین، ( 2?، 2? )، هنگامی که ( 120- = 2?، 180= 2? ) و ( 180 = 2?، 150 = 2? ) باشند پایدارترین حالت آنها می باشد، که با بزرگتر شدن زنجیر جانبی متصل به c? اسید آمینه، انحراف زوایای دو وجهی از °180 بیشتر می شود. بخش سوم: ساختارهای بهینه، انرژی و توابع ترمودینامیکی صورتبندی های حاصل از چرخش زوایای دو وجهی اسکلت تری پپتید مذکور طبق نقشه راماچاندران در سه حالت (?l -x-(?l، ( ?l-?l- x) و (x -?l-?l ) در حالیکه زنجیره جانبی در پایدارترین حالت خود )-- g - (gثابت شده بود، محاسبه شدند، نتایج حاصل از این محاسبات نشان داد که صورتبندی l?l?l? در هر سه حالت، پایدارترین صورتبندی می باشد. در نهایت با توجه به نتایج، می توان گفت جاذبه دو قطبی ـ دو قطبی و آنتروپی در پایداری صورتبندی های معین دی آمید های اسید آمینه نقش اساسی ایفا می کنند.